В данной папке Windows сохраняет файлы данных, содержащих информацию о запускаемых приложениях. Естественно жизнь в нашей операционной системе на месте не стоит, многие программы удаляются и заменяются другими, значит и информацию в папке Prefetch нужно периодически обновлять, очищая её. Все загружающиеся программы, сразу внесут свои данные в эту папку заново, на этот момент, запуск Windows немного замедлится, зато все последующие загрузки операционной системы будут происходить некоторое время быстрее. 
Затем папка Prefetch, опять будет переполнена ненужной информацией. Лично я удаляю данные из папки Prefetch один раз в месяц, наведываться чаще в эту папку не стоит, если и можно здесь выиграть в скорости запуска , то очень немного, лучше уделить больше времени очистке жёсткого диска от лишних файлов идефрагментации и общему ускорению работы Windows 7.

Многие со мной поспорят и скажут что папка Prefetch содержит данные не только системных файлов, но и многих лишних приложений, чтение которых особенно замедляет запуск Windows, но можно производить запись информации в папку Prefetch о запуске только системных файлов, задаётся это всё в реестре.
Находим ключ

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Memory Management\PrefetchParameters]
По умолчанию он имеет значение "EnablePrefetcher"=dword:00000003. 
Используем другие значения: 
0 – Prefetch отключен.
1 – запуск только приложений
2 – запуск системных процессов
3 – запуск всего.